Reforma edukacji, która wystartowała 1 września 1999 roku jako III etap kształcenia ustaliła naukę w 3-letnim gimnazjum.
W liście z marca 1999 roku do rodziców uczniów klas szkół ponadpodstawowych ówczesny Minister Edukacji Narodowej
prof. dr hab. Mirosław Handke następująco przedstawił założenia pracy gimnazjum:
"...Gimnazjum jest jednym z istotnych elementów reformy,
ma być szkołą mądrą, dobrą, przyjazną dzieciom i rodzicom. Szkołą na miarę XXI wieku, szkołą, która przygotowuje
dzieci do dalszej nauki, do dalszej pracy zawodowej, do odpowiedzialnego dorosłego życia..."
Na początku nasze gimnazjum było podzielone. Jedna część znajdowała się w budynku Szkoły Podstawowej numer 54 przy ulicy Kukuczki 30, natomiast druga część szkoły w budynku Szkoły Podstawowej numer 2 przy ulicy Baczyńskiego. Po roku nauki decyzją Rady Miasta gimnazjum w całości znajdowało się przy ul. Baczyńskiego 2a.
31 maja 2003 r. szkoła otrzymała imię "Pokolenie Kolumbów".
W roku szkolnym 2002/2003 Gimnazjum nr 2 brało udział w akcji "Szkoła z klasą" organizowanej przez Gazetę Wybroczą oraz Fundację Centrum Edukacji Obywatelskiej pod patronatem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Aleksandra Kwaśniewskiego. Decyzją komisji z dnia 10 października Gimnazjum nr 2 otrzymało tytuł "Szkoły z klasą".
Szkoła zatrudnia ambitnych, twórczych i doświadczonych nauczycieli o wysokich kwalifikacjach, dobrze przygotowanych do pracy w zreformowanej szkole.
Nauka odbywa się na jedną zmianę, co zapewnia uczniom komfort psychiczny oraz możliwość osiągania lepszych wyników w nauce.
